Управленската структура на БРИЕ, която е определена чрез Статут на БРИЕ, който е част от Румъно-българската спогодба, включва:
- Транснационално настоятелство на БРИЕ (Beirat), председателствано от проф. Рита Зюсмут, председател на Германския Бундестаг от 1988 до 1998. То се представлява от ключови партньори на БРИЕ – областни управители, кметове, депутати и др. Сесиите на настоятелството, където се вземат стратегическите решения за развитието на БРИЕ, се провеждат веднъж годишно в Букурещ или в Русе.
- Транснационалният управителен съвет на БРИЕ, в който участват ректорите на Русенски университет и на Стопанска академия Букурещ, представител на Конференцията на германските ректори и директорите на двата БРИЕ центъра. Управителният съвет взема решения на принципа на ротацията, като съответният ректор домакинства заседанията веднъж годишно.
- Транснационалната комисия на БРИЕ е оперативен управленски екип, ръководен от директорите на БРИЕ и включващ заместник-директори, както и координатори на различни аспекти от дейността на БРИЕ.
